1.办公室（财务资产处）
　　负责公文运转、安全保密、密码管理、档案管理、新闻宣传、服务保障、财务管理、预决算管理、会计核算、资产管理、政府采购管理、内部审计管理等工作。
　　2.组织人事处（纪委办公室）
　　负责党委的日常运转工作，负责思想政治建设、基层党组织建设、精神文明建设等工作，协助党委领导工青妇等群众工作和统战工作；负责干部选拔、干部监督、人才队伍建设、教育培训、劳动工资、干部人事档案管理、离退休干部等工作；负责纪委的日常运转工作，承担监督执纪问责等相关工作。
　　3.评审评估一处
　　承担报国务院审批用海用岛的评审工作，编制技术审查报告和技术标准。承担重大项目用海用岛评估工作，编制评估报告。承担用海用岛评审业务培训具体工作。承担无居民海岛使用金评估工作。承担海洋生态评估报告、海洋资源资产核算报告、海域勘界、海岸带保护与利用规划、海洋生态保护红线划定方案技术评审工作。
　　4.评审评估二处
　　承担海洋生态保护修复项目技术审查和专家库建设工作。承担海洋生态保护修复工程实施情况评估工作。承担海洋生态修复有关政策研究工作。承担海洋重大行政决策的专家论证和风险评估工作。承担海洋工程数据资料的汇集、处理工作。承担部委托的基建项目可行性研究报告、初步设计和概算评审工作。
　　5.质量标准处
　　承担海域海岛使用论证报告质量检查技术支撑具体工作。承担论证单位的技术培训指导具体工作。拟订海域海岛使用论证质量保障技术标准。承担海洋自然资源管理的海洋工程标准研制的组织实施工作，组织开展海洋工程标准培训、交流、宣传和国际合作工作。承担海洋咨询业务数据平台和门户网站的运行维护工作。
　　6.专家咨询处
　　承担海洋咨询专家库建设与运行工作，承担专家库相关管理制度制订并组织实施。承担全国海洋工程建设情况调查统计和发展运行状况监测评估的组织实施工作，编制全国海洋工程统计报告、典型海洋行业发展报告。组织开展海洋政策、法规、规划等重大问题的研究咨询，提出咨询建议。