1.办公室（财务资产处）

    负责公文运转、安全保密、密码管理、档案管理、新闻宣传、服务保障、财务管理、预决算管理、会计核算、资产管理、政府采购管理、内部审计管理等工作。

2.组织人事处（纪委办公室）

    负责党委的日常运转工作，负责思想政治建设、基层党组织建设、精神文明建设等工作，协助党委领导工青妇等群众工作和统战工作；负责干部选拔、干部监督、人才队伍建设、教育培训、劳动工资、干部人事档案管理、离退休干部等工作；负责纪委的日常运转工作，承担监督执纪问责等相关工作。

3.评审评估一处

    承担油气矿产开发、石化等项目用海用岛的技术评审，开展相关政策、制度、标准等研究工作。承担海域海岛使用论证报告质量检查技术支撑和论证单位技术培训指导工作。组织实施海洋资源管理的海洋工程标准研制、培训、宣传和国际合作与交流工作。承担中心网络安全和信息化等工作。

4.评审评估二处

    承担可再生能源、水利、通信等项目及其他特殊项目用海用岛的技术评审，开展相关政策、制度、标准等研究工作。承担海洋生态保护修复项目技术审查、实施情况评估和有关政策研究等工作。承担部委托的基建项目可行性研究报告、初步设计和概算的评审工作。

 5.评审评估三处

    承担交通运输、电力等项目用海用岛的技术评审，开展相关政策、制度、标准等研究工作。承担重大项目用海用岛评估工作。承担用海用岛评审业务培训工作。承担海域海岛自然资源资产核算技术评审工作。

6.综合业务处

    组织开展海洋政策、法规、规划研究咨询。承担海洋重大行政决策的专家论证和风险评估工作。组织实施全国海洋工程建设情况调查统计和发展运行状况监测评估。承担海洋咨询专家库建设与运行工作。承担评审评估工作制度制订及监督实施。承担海洋生态保护红线、海岸带保护与利用规划等技术评审工作。负责中心业务发展规划、业务统筹、成果转化等工作。